主卧的卫生间虽然方便实用，但还是有一些缺陷，比如卫生间的味道。这是一个不可避免的问题。再干净的马桶，用后总会有些异味。带卫生间的卧室没有窗户，光线不足，经常有一股霉味。
同时，带卫生间的卧室会增加室内的水汽。有的卧室卫生间门对着床，不仅不吉利，还会出现头痛脚痛等各种不适症状。而且每天使用卫生间后，里面的水汽会进入卧室，使室内环境潮湿。
它可能会导致居民患风湿病等疾病。
卧室和卫生间还有一个缺点，就是不容易改造，因为是提前设计好的，管道已经铺设好了。即使改造成衣帽间或者书房，还是会听楼上冲厕所的声音，很大程度上影响使用。
